Laboratorium Agronomi telah berkembang menjadi beberapa laboratorium yang mendukung kegiatan praktikum, penelitian, kegiatan produksi, jasa penyuluhan, jasa pelatihan dan jasa analisis; terdiri dari Laboratorium Klimatologi, Laboratorium Genetika, Pemuliaan Tanaman dan Teknologi Benih dan Laboratorium Perlindungan Tanaman

Laboratorium Klimatologi

Laboratorium Klimatologi yang terletak di Kebun Percobaan Pertanian UMM sebagai sarana untuk kegiatan praktikum, penelitian, dan penyediaan data iklim. Laboratorium Klimatologi berupa Stasiun Klimatologi dan sudah dilengkapi dengan Weather Station yaitu alat pengamat cuaca (radiasi matahari, intensitas, suhu, angin, hujan, kelembaban dan evapotranspirasi) yang bekerja denga sistem komputerisasi. Analisa data dilakukan dengan komputer dan datanya dapat dikirim melalui internet, serta link dengan sistem stasiun cuaca internasional.  Laboratorium ini juga dilengkapi dengan perangkat untuk pengamatan iklim mikro di sekitar pertanaman.

Laboratorium Genetika, Pemuliaan Tanaman dan Teknologi Benih

Laboratorium Genetika, Pemuliaan Tanaman dan Teknologi Benih merupakan laboratorium untuk kegiatan praktikum dan penelitian dalam bidang genetika, pemuliaan tanaman dan teknologi benih serta sarana untuk kegiatan produksi benih-benih unggul. Laboratorium ini dilengkapi dengan peralatan untuk kegiatan mutasi duplikasi kromosom, hibridisasi tanaman, analisis perkecambahan, pengujian benih, identifikasi hama penyakit benih, sertifikasi benih dan penyimpanan benih, serta pengujian kromosom tanaman.

Laboratorium Perlindungan Tanaman

Laboratorium Perlindungan Tanaman menyelenggarakan praktikum, penelitian, jasa identifikasi dan analisis jasad pengganggu dan pelayanan pada masyarakat umum dalam bentuk penyuluhan maupun pelatihan pengendalian jasad penggangu tanaman (Klinik Pertanian). Laboratorium Perlindungan Tanaman dilengkapi dengan peralatan untuk pengamatan hama dan penyakit tanaman, peramalan serangan hama dan penyakit tanaman, serta sprayer mesin untuk pengendalian hama dan penyakit tanaman.  Laboratorium ini juga menyediakan berbagai produk pestisida hayati ataupun mikroba antagonis.

Laboratorium Tanah

Laboratorium Tanah menyelenggarakan praktikum, penelitian dan jasa analisis unsur hara maupun pengujian tanah. Peralatan yang dimiliki meliputi peralatan praktikum dasar-dasar ilmu tanah, kesuburan tanah, serta peralatan untuk analisis fisika, kimia dan biologi tanah. Laboratorium ini juga mengembangkan dan memproduksi biofertilizer maupun mikroba decomposer (mikroba untuk mempercepat dekomposisi/fermentasi bahan organik pada proses pembuatan pupuk organik).